Suyun içindeki mikroorganizmal yaşamın kontrolü amacıyla suyun dezenfekte edilmesi şarttır. Dezenfeksiyon işleminin, bir çok şekilde gerçekleştirilmesi mümkündür. Ancak, en yaygın olarak klorlama ve ultraviyole dezenfeksiyon sistemleri kullanılmaktadır. Gıda sanayinde ise ozonizasyon tercih edilen bir yöntemdir.
Klor, eskiden beri en yaygın kullanılan dezenfektandır. Yaygın kullanımında klorun ucuz bir dezenfeksiyon sistemi olmasının yanısıra, kalıcı etkiye sahip olması da önemli bir etkendir. Klor, suya karıştırıldığı anda, suyun içindeki bazı organik maddeler ve ağır metallerle reaksiyona geçer. Tüm reaksiyonlar sonrasında 0,1-0,2 mg/l serbest bakiye klorun suda bırakılması, nihai kullanım noktasına kadar mikroorganizmal üremeyi önleyecektir. Ancak yapılan klorlama işlemi sonrasında, serbest bakiye klorun aktif karbon veya sodyum metabisülfit dozlanarak sudan alınması, arıtma sistemi sonrasında suyu mikroorganizmal kirlenmeye açık hale getirecektir.
Suyun dezenfeksiyonu amacıyla kullanılan bir diğer yöntem ise, Ultraviyole Dezenfeksiyondur. Bu yöntemde, dalgaboyu 254.7 nanometre olan ultraviyole ışınımı kullanılır. Bu ışınım, suyun içindeki mikroorganizmaların, DNA yapısında bozulmaya sebep olup, üremeyi engeller. Ultraviyole sistemler, dezenfeksiyon amacıyla, oldukça yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. UV sistemleri ile dezenfekte edilen sular, atmosfere açık bir şekilde depolanmamalı ve bekletmeden kullanılmalıdır. Ayrıca, voltaj düşümleri veya elektrik kesintileri UV dezenfeksiyon cihazlarının çalışmasına olumsuz etkisinin olduğu bilinmektedir. Sadece elektrik gerilimindeki salınımlar, UV sistemin etkinliğini %30’lar mertebesinde düşürebilmektedir. Ultraviyole sistemlerin, tortulu ve bulanık olan sularda kullanılması durumunda, suyun UV ünite öncesinde hassas partikül tutma kabiliyetine sahip tortu filtrelerinden geçirilerek bulanıklılığının giderilmesi şarttır. Zira, mikroorganizmalar, büyük partiküllerin ışınımı engellemesi sonucu, UV üniteden canlı çıkabilmektedir. UV ünitelerin ayrıca peryodik bakımı önemlidir. Senede bir kere UV lamba değişimi ve ham su kalitesine bağlı olarak, peryodik olarak kuvars cam temizliğinin yapılması çok önemlidir. Bu temizliğin yapılmaması, UV ışınım etkinliğini azaltacaktır.